Corta las patatas en redondo, la calabaza en rodajas finas (puedes ayudarte con un molde de aro del tamaño apropiado) y las berenjenas un poco más gruesas. Deja las patatas sumergidas en agua, y a las berenjenas añádeles sal y déjalas en una escurridera. Al cabo de un rato, asa las berenjenas en una sartén caliente con un poquito de aceite, por los dos lados, y resérvalas. Forra una fuente de horno con papel sulfurado y coloca las patatas y las rodajas de calabaza. Añade sal, nuez moscada, aceite y asa unos 30 minutos en un horno precalentado a 200 °C. Corta la cebolla y caramelízala a fuego lento en una sartén amplia con aceite y un poco de sal, removiendo de vez en cuando, hasta que se haya oscurecido. Mientras tanto, tritura todos los ingredientes del pesto en la batidora, hasta obtener una salsa fina. Monta el milhojas intercalando las hortalizas por capas. Corona la torre con la cebolla caramelizada y sírvela con el pesto.